自考大專生在學習期間的檔案統稱為“學籍檔案”，畢業時，自考大專生的學籍檔案材料原件應盡快歸到自己的人事檔案中，存入相關人事部門。自考大專生的學籍檔案主要包括《畢業生登記表》和《考生畢業審定表》，內容包括該畢業生姓名、專業、區縣、每次參考時間、準考證及身份證號碼、聯系電話、畢業審核部門簽署意見等重要證明信息。 

自考大專畢業申請審核通過后，市考辦會將自考生畢業證書和學籍檔案材料原件密封后，發到自考大專生手中，自考大專生根據個人情況采取合理方式歸入個人檔案。 

自考大專生根據就業情況可以分為：有單位自考生、沒有單位自考生兩大類。在沒有單位的自考生中，很大一部分為高中畢業后直接進入全日制自考的學生。 有單位的自考生(單位具有人事管理權即具有人事檔案管理部門)，畢業后可將學籍檔案材料送到本人單位人事部門，人事管理人員會將自考學歷檔案歸入其個人檔案，在以后需要職稱評定、升職等需要時起相關作用。沒有工作單位的考生，根據自己個人檔案存放方式采取歸檔，如放置在人才交流中的可交人才交流中心人事管理人員歸入自己的檔案，放置在街道辦事處的也可交由該部門進行歸檔。

高中畢業后直接參加自考大專的這部分考生，首先要回原高中學校問詢自己檔案所在何處(高中檔案管理處或已派發到戶籍所在街道辦事處)，然后將自考學籍檔案交由檔案管理部門和個人檔案歸檔即可。